Erakundearen erantzukizun maila ezberdinetan aurrekontuaren jarraipena egitea eta aurrekontuaren egokitzapen ezak antzemateko neurriak hartzea ahalbidetzen du aurrekontuaren kontrolak.

Eskualdean aurreikusitako helburuak betetzeko dauden baliabideen erabilera era honetan zehaztuta dago:
Programa Kontratuan zehaztutako finantzaketa
Osakidetza Erakunde Zentralak onartutako gastua, bere zerbitzu antolaketa guztietarako aurreikusitako emaitza orokorraren arabera.

Helburuak beteko direla bermatzeko Erakundearen gastuaren aurreikuspena urte erdian antolatzen da eta Urteko Kudeaketa Planean jasotzen da. Plan hau Zuzendaritza Kontseiluak onartzen du eta Osakidetza Zerbitzu Zentralera igortzen da. Bertan aztertzen eta onartzen da eta Erakunde Publikoaren aurrekontura gehitzen.

2000. urtean Aurrekontuen Batzordeak ezarritako eta Zuzendaritza Kontseiluak onartutako irizpide batzuen arabera, Lehen Mailako Arreta Unitateen aurrekontuak onartzen dira.

Irizpide horiek gastu korrontea (jardueren arabera banatua gehienbat) nahiz pertsonal gastua kontuan hartzen dute, eta urtero ebaluatzen eta berrikusten ditu Aurrekontu Batzordeak.

BAEtako aurrekontua Unitate Buruekin hitzartzen da eta bere Kudeaketa Klinikoaren Kontratura gehitzen da, Aurrekontu Klinikoa deitzen dena.