Kontratu Programak Osasun Sailarekin harremana arautzen duen tresna da, eta Eskualdeko finantzaketa iturri nagusia da (%99,5). Horregatik du horrenbesteko garrantzia programen, helburuen eta jarduera berrien definizioak, beti ere Osasun Planaren estrategiaren ildoari jarraituz ezarriak.

Finantzaketa egitura ondorengo elementu hauek zehazten dute:
Populazioaren Estaldura
Hitzartutako asistentzi eskaintza, eskualde bakoitzeko OTI duten biztanle kopurua kontuan hartuz, ezartzen zaion unitateko prezio bakar baten bitartez finantzatzen da eskualde guztietan, zerbitzugintzan dauden zailtasunak konpentsatzen dituen egitura diferentzia euskarri finantzarioa barne. Kontzeptu honen pean Gipuzkoako Ekialdeko Eskualdea erakundeak 2003. urtean beste eskualde batzuetako finantzaketari erantzun dio.

Bloke Finantzaketa
Etengabeko arreta puntuak finantzatzeko eta Osasun Saileko zerbitzuekin komun dituzten laguntza espezializatuko horiek (ikuskatzailetza medikoa, albaitaritza) garatzeko baliabide ekonomikoak lortzen dira blokearen bitartez.

Aparteko programa bereziak
Osasun Planeko programa zehatzak finantzatzen dituzte.

Lehentasunezko Eskaintza eta Kalitatea
Programa Kontratuko kalitate helburuak betetzen diren arabera finantzaketa erantsia suposatzen du.

Hirugarren batzuei eskainitako zerbitzu guztien fakturazio prozesuan eraginkortasuna bultzatzea ekartzen du Programa Kontratuaren ezarpenak: mutuak, osasun aseguruak, aseguru partikularrak…

Horretarako Zuzendaritza ekonomiko-finantzarioak Fakturazio Gidaliburu bat garatu du. Bere edukia honela banatzen da:
- Faktura egin daitekeen asistentzien detekzioa
- Datuen bilketa sistema
- Hauen tramitazioa

Fakturazio sailean hirugarren batzuei eginiko fakturazioaren kudeaketa osatzen duten gainerako jarduerak burutzen dira.